At beskytte naturen med dens bestand af vilde dyr og planter samt deres levesteder og de landskabelige, kulturhistoriske, naturvidenskabelige og undervisningsmæssige værdier er sammen med forbedringer af befolkningens muligheder for friluftsliv, de væsentligste elementer i naturbeskyttelseslovens formål.
Det vigtigste redskab til at opnå disse formål er beskyttelse af naturområder. Ved at beskytte naturområderne beskyttes variationen og mangfoldigheden af danske naturtyper, de vilde planters og dyrs levesteder og dermed en vigtig forudsætning for variationen og mangfoldigheden af arterne.
Grundlaget for arbejdet med naturbeskyttelse er især Naturbeskyttelsesloven.
Midlerne er bl.a. område- og. artsbeskyttelse, naturpleje, naturgenopretning, planlægning, overvågning, fredning, beskyttelseslinjer, aftaler, tilskud og oplysning. Beskyttelsen skal ske med respekt for de EU-direktiver og internationale aftaler, som Danmark er forpligtet af.
By- og Landskabsstyrelsen samarbejder med kommunerne og med andre statslige myndigheder især Skov- og Naturstyrelsen om naturbeskyttelse.